A Maratona de Programação só acontece graças ao trabalho voluntário de muitos entusiastas da ideia. A criação da competição foi uma iniciativa dos professores Claudionor Coelho, Carlos Camarão (UFMG) e Ricardo Dahab (Unicamp).
Nos primeiros anos, envolveram-se na organização Marcus Poggi (PUC-Rio), Ricardo Anido (Unicamp), Raul Weber (UFRGS), Ricardo Dahab (Unicamp), Katia Guimarães (UFPE), entre outros. O sistema BOCA é de autoria de Cassio Polpo de Campos (Utrecht) que foi o responsável pelos sistemas de 2002 a 2018.
O diretor da super região latino-americana do ICPC a partir de 2018 é Federico Meza (Universidad Federico Santa Maria, Chile), substituindo Ricardo Dahab que esteve a frente da organização de 1996 a 2017. Desde o ano 2000, o evento no Brasil passou a ser promovido pela Sociedade Brasileira de Computação, sob coordenação do Comitê Diretor da Maratona de Programação, composto por um diretor e um representante de cada região brasileira, e seus respectivos suplentes, cuja atual composição é apresentada a seguir.